僵化苗西紅柿幼苗矮小，莖細，葉小，根少，不易生新根，花芽分化不正常，易落花落果，定植后緩苗慢。育苗期間怕徒長，長期控制水分過嚴，最容易造成秧苗老化。發現僵化苗后要及時澆水，防止苗床干旱，適當提高苗床溫度。

猝倒病西紅柿猝倒病常發生在幼苗出土后、真葉尚未展開前，發病后病情發展很快，以致子葉還未萎蔫（仍然是綠色）時，幼苗便已經倒伏而死亡。防治方法是選用未種過菜的大田土作床土，床土里拌勻有機肥，必須經過充分發酵腐熟，播種時應用藥劑進行床土消毒，播種量不應過大，并應及時分苗。苗期管理時床土不要積水，防止幼苗徒長。發現中心病株及時清除，用代森鋅、百菌清、多菌靈等防治。

立枯病立枯病癥狀是幼莖干枯收縮，導致死亡，幼苗并不立即倒伏，仍保持直立狀態，在濕度過高、床土結構不好、通風差的苗床最易發病。提倡采用穴盤和營養缽育苗，注意提高地溫，科學放風，適時噴施新高脂膜，可有效防止地上水分蒸發，隔絕病蟲害，縮短緩苗期。同時，要及時中耕除草，平衡水肥，追肥要控制氮肥的施用量，增施磷鉀肥。及時降低田間濕度，噴施促花王3號抑制主梢旺長，促進花芽分化，提高植株的抗病能力。在開花前、幼果期、果實膨大期各噴施一次菜果壯蒂靈，可提高授粉質量，增強循環坐果率，使西紅柿品質提高，穩產優質。