辣椒芽枝霉果腐病病斑圓形、近圓形，大小10～30毫米，甚至更大，淡褐色。濕度大時病部密生開始為白色，后轉為黑綠色絨狀霉層。

農業措施，培育無病壯苗，加強肥水管理，施足糞肥，及時追肥，控制灌水，加強通風，降低濕度。使用無滴膜，經常清除棚膜上灰塵，增加透光率。果實成熟后，發現病果及時摘除，深埋處理。

藥劑防治，在發病前用植物細胞免疫因子進行預防，提升植物抗逆性，可使病毒DNA斷裂凋亡。強大免疫功能，誘生干擾素和活性細胞介素，抑制殘余病毒復制。在發病后用針對性的藥劑加新高脂膜進行有效防治，每7天左右噴藥1次，連續防治2～3次。